Eine Meningokokken B-Erkrankung tritt sehr selten auf, aber der Krankheitsverlauf ist häufig schwerwiegend. Eine Ansteckung kann vor allem zu einer Entzündung der Hirnhäute (Meningokokken-Meningitis) oder zu einer bakteriellen Blutvergiftung (Meningokokken-Sepsis) führen.
Nach Angaben des RKI leiden die Überlebenden häufig an Langzeitfolgen (z.B. Hydrozephalus, Hörverlust, Epilepsie, chronisches Nierenversagen, Amputationen) und haben eine deutlich verminderte Lebensqualität. Das Erkrankungsrisiko ist im ersten Lebensjahr am höchsten, daher wird eine frühestmögliche Impfung empfohlen.